Der Grundriss der Kapellenanlage erinnert an mittelalterliche Klosterstrukturen mit Kreuz am Eingang, Klostergarten und abschirmenden Mauern, die dem besucher zeit zur besinnung lassen und einen geschützen Raum bieten. Der Pfeilergang an der Ostseite hat eine Überdachung, die es ermöglicht die Kapelle trockenen Fußes zu erreichen. Drei Elemente bestimmen die Konzeption: das Hochkreuz am Eingang, 13 Meter hoch, der von einer Mauer umgrenzte Vorplatz, sowie der kubische, streng archaische Kapellenraum.

Dreimal erscheint das Symbol des Kreuzes. Neben dem Eingangskreuz ist in de Längsachse ein sieben Meter hohes Fensterkreuz vorhanden und an der Südseite ein ebenso großer Wandschlitz, der in der Kapelle eine besondere Atmosphäre verbreitet. In der kreuzförmigen Fensterfront, die man vom Innenhof aus sieht, spiegelt sich das Hochkreuz und das Lichtkreuz scheint von der Kapelle aus hindurch.

Der Innenraum der sehr schlicht gehalten ist, wird von drei großen Bildtafeln des Künstlers Bernhard Maier aus Sigmaringen belebt, die die Emmausgeschichte erzählen und so den Betrachter mit seinem eigenen leben und Erleben mit auf den Weg nehmen. Eine Pieta aus dem 17. Jahrhundert lädt zur weiteren Vertiefung des Gebets in der Emmauskapelle ein.